Torturé par sa grand-mère (ou son père dans New52), l'enfance de Jonathan est chaotique mais c'est durant cette période de sa vie qu'il s'intéresse aux peurs. Durant son adolescence, Crane était le bouc émissaire de ses camarades de classe, sans cesse moqué pour son physique, il est appelé l’Épouvantail à cause de sa maigreur et son style ringard. C'est après s'être fait rejeté par une camarade de classe qu'il aimait que Jonathan endosse pour la première fois son costume d'épouvantail pour effrayer le conducteur du bus qui ramenait la jeune fille et son petit ami, en se postant au milieu de la route une fausse arme à feu à la main, l'accident tuant la jeune fille et son compagnon.

Par la suite, Crane devient Professeur de psychologie. Selon les versions, il est arrêté pour avoir tirer avec une arme à feu en plein cours afin de démontrer sa théorie ou pour avoir faire des expériences sur des patients. Selon "Le Cœur de Silence", il est non seulement le docteur en charge du jeune Thomas Eliott, mais aussi son mentor, et son proche confident. Les expériences de Crane deviennent de plus en plus monstrueuses et la faculté décide de réagir. Renvoyé par le corps académique, Jonathan Crane devient aigri suite à cette décision. C'est pour continuer ses expériences machiavéliques mais aussi pour se venger que Jonathan Crane devient l’Épouvantail.

Les débuts de l’Épouvantail sont chaotiques. Il se mêle à de nombreux criminels afin de rassembler des fonds pour acheter des matières premières pour réaliser ses toxines de peur. Crane est un sadique, un être obnubilé par les peurs de ses victimes, il prend un malin plaisir à les voir souffrir et à relever des notes sur ses cobayes. Beaucoup de psychiatres se sont posés des questions sur Jonathan Crane, estimant qu'il n'est pas fou, seulement sadique et sans empathie.

Alors que le Pingouin souhaite terroriser les autres chefs de gang dans Gotham City, Cobblepot fait appel à l’Épouvantail pour sévir. Aidé d'une jeune assistante en la personne de Linda Friitawaa, Crane réussit à faire peur aux nombreux caïds. Néanmoins Batman intervient, et Crane est transformé en créature cauchemardesque qui arrive presque à déterminer qui est derrière le masque de Batman. Plus tard, Crane est contacté par Thomas Eliott pour abattre le Chevalier Noir. Malheureusement pour Crane, tout tourne au fiasco et il finit à Arkham. Libéré par le tout nouveau Black Mask, Crane est obligé de le suivre sous peine de voir son crâne exploser. Il prend donc part aux combats contre l'armée à Devil's Square avant d'être appréhendé par Batman. Lors de l'invasion des Black Lanterns, Crane est réquisitionné par les Lanternes Jaunes, et s'illustre au combat avec Sinestro. Il sera cependant, vite battu et vite désarmé.

Dans New 52, Jonathan Crane s'illustre en étant le chef, et le superviseur de la guerre contre Bane durant les évènements de Forever Evil. Alors qu'il drogua toute son équipe au venin de Bane, la victoire a failli être sienne, mais Bane était bien le plus fort. Crane est donc vaincu, suspendu à des câbles, en spectacle pour tout Gotham City. Personne ne peut vaincre Bane, pas même le seigneur des corbeaux de Gotham City. Dans cette timeline, il est aussi un proche ami de Cobblepot et de Jervis Tetch. Ils passeront une très mauvaise nuit à l'asile juvénile abandonné d'Arkham.

Dans la continuité Rebirth, il rejoint l'équipe du Sphinx pour combattre le Joker lors de la guerre des blagues et des énigmes. Il protégera aussi Arkham, d'un Bane enragé, déterminé à reprendre le psycho-pirate des mains de Batman.