Mari de Barbara Kean et père de James Gordon Jr, James Gordon est un flic qui a fait ses classes dans la ville de Chicago. Il fut muté suite aux révélations qu'il a faite sur les policiers corrompus de la ville et fut envoyé à Gotham City pour y accomplir le même travail. Décoré, il arrive à Gotham et est accueilli par son collègue, un certain Flass. Il se rend compte que Gotham est pire que Chicago et s'aperçoit que même le commissaire de l'époque, Gillian Loeb est le premier des corrompus. Malgré le fait qu'il donne la chasse à ce mystérieux Batman, Gordon se rend compte que le Chevalier noir cherche la même chose que lui : abattre la vermine et faire régner la loi. Après avoir évincé Loeb, qui passera en jugement avec ses acolytes comme Branden et Flass, Gordon est promu Commissaire.

Il entretiendra d'ailleurs des liaisons amoureuses avec Sara Essen, et d'autres plus professionnelles avec Harvey Dent, le nouveau procureur, dans l'optique de faire tomber Carmine Falcone et le Romain. Hélas, la guerre a un prix et Dent devient Double-Face. Gordon se rendra compte que la présence du Batman fait multiplier les criminels de l'asile d'Arkham, mais ne perd jamais de vue de les coffrer dans l'ordre et dans les valeurs. Il adopte sa nièce, Barbara Gordon, et l'intègre dans sa famille. Les liens entre le père et la fille se resserreront quand Batman délivrera la jeune fille des mains du Chapelier Fou.

Son calme et ses limites seront testées par le Joker, qui paralyse sa fille quelques années plus tard et tentera de lui démontrer que la folie arrive à tout le monde. Mais Gordon tient, tel un roc, et se refuse de sombrer dans la folie. Le Joker défait, Gordon reprend son travail, malgré les épreuves qui l'attendent. Pendant le No Man's Land, Gordon se marie avec Sara Essen, mais cette joie sera de courte durée car le Joker, encore une fois, logera une balle dans le crane de la jeune mariée. Gordon, de colère, tire une balle dans le genou du clown. Celui-ci explose de rire en mentionnant "Je ne pourrais plus marcher ... comme votre fille." Malgré les coups durs, Gordon se repose sur ses meilleurs alliés : Batman, Harvey Bullock, un ancien flic corrompu ayant fait amende honorable et Renée Montoya, une flic intègre. Durant la soit-disant mort de Batman, il est prit à parti par le nouveau Black Mask qui attaque le commissariat. Il est aussi sous la coupe du Docteur Hurt et du Professeur Pyg.

Avec New 52, Gordon aurait été responsable de la création de Wrath, le tueur de flics. Il est aussi l'origine des maux de Barton Mathis, le Dollmaker, qui l'a séparé de son père. Gordon, dans ses valeurs, attire les criminels qui tenteront toujours de l'abattre, que ce soit pour des raisons d'éthiques ou par pure folie. Mais jamais le Commissaire n'a flanché. Dernièrement, James Gordon a tenté de sauver son fils, James, de la folie qui l'habite, mais il semble apercevoir Batgirl en train de le tuer et s'est lancé dans une véritable chasse à la jeune justicière. Mais son fils étant toujours vivant, il a arrêté de poursuivre la jeune femme. Il est inculpé pour "meurtre de masse" à cause d'un complot ourdi par Carmine Falcone, qui se lance dans une monstrueuse guerre de gangs. Même à Blackgate, Gordon impose le respect et se lie d'amitié avec Leo Calabrese durant une émeute à Blackgate. Lavé de tous soupçons, il est libéré et récupère son poste de commissaire.

Durant les évènements de "Endgame", alors que le Joker jokerise toute la ville de Gotham City. Il tire trois balles sur le Joker qui s'était camouflé sous son lit. Mais le Joker se relève et plante sa hache dans le corps de James. Toujours vivant, il attaque Batman sous l'effet de la drogue du Joker. Alors que le Batman et le Joker se sont entre-déchirés dans les sous-sols de la ville, il devient alors le Batman 2.0, dans une armure cybernétique dirigée par Powers Industries, afin que cette ville puisse toujours compter sur un justicier en la personne de Batman.

Dans la continuité "Rebirth", il est toujours commissaire de cette ville. Cependant, il n'a qu'un rôle assez mineur dans la plupart des histoires conçues. Sauf peut-être dans la guerre des blagues et des énigmes. Comme toujours, et malgré les coups durs, il reste un des meilleurs alliés du Chevalier noir.